其中最令人煩惱，同時也是最可怕的牙周病，一旦罹患了便很難治療，若是沒控制好，有時候甚至會有掉牙的危機，而治療的流程，又是怎麼進行的呢？
第一階段：牙周深部清潔
牙周病的治療大致上可分為3個階段，一開始就是初步的治療，必須上麻藥，用洗牙的方式，做一個深部的清潔，將牙結石、細菌以及感染的組織全部清出，新的組織才有辦法再生長出來。
第一階段：平時清潔
牙周病的主要原因，在於口腔衛生不當，使牙菌斑堆積造成牙周組織的破壞。因此，在牙周病的治療中，除了醫師純熟的技術外，還需要患者建立正確的口腔衛生習慣。口腔衛生的工作， 主要是靠牙刷、牙線……等的使用，將牙齒徹底刷乾淨。每天早晚各一次徹底的用牙刷及牙線就可常保口腔的健康。
第二階段：牙周翻瓣手術
經過5~6週的基本治療及口腔衛生教育，牙周組織發炎的情形可受到適當控制。但若先前組織受損嚴重，可能有些病灶無法於基本治療之下，就能加以完全控制，此時便須藉由牙周手術的方式將藏在牙周囊袋深處的牙菌斑與牙結石完全清除，並將遭到破壞而呈不規則的齒槽骨缺陷整形，使牙周組織回復健康。
第二階段：牙周再生手術
牙周翻瓣手術雖可使牙周組織恢復健康，但是之前被細菌所破壞的牙周組織卻無法再生，使牙齒的功能受到影響。若是臨床條件需要，醫師還可使用人工骨粉及再生膜等生物材料，植入牙周缺損處，誘導牙周細胞的再生，修復先前受損的齒槽骨，使功能減退的牙齒，回復其穩定度及支持力。
第三階段：牙周支持性治療
雖然經過漫長又辛苦的治療之後，牙周病獲得良好的控制。但是我們知道口腔內每天都有幾百種微生物與我們共生，因此牙菌斑隨時都會生長，所以除了每天繼續維持良好的口腔衛生習慣之外，接受定期的檢查與保養也是很重要的。因為在牙齒的周圍有許多地方是牙刷與牙線不容易完全到達的區域，這可能就是牙菌斑再堆積與生長的溫床，牙周病便從這些死角再次復發。
第三階段：膺復治療
在牙周病治療的過程中，某些牙齒因為牙周組織受損太嚴重而無法挽救時就需要加以拔除。欠缺的齒列會造成口腔機能的障礙，因此患者便需要藉助義齒（假牙）的製作和裝配或植體的種植與膺復，來恢復其咀嚼，發音及美觀等功能。
義齒種類大體上可分成固定式和活動式兩種。固定式義齒主要種類為牙橋。牙橋須前後端之牙齒作支柱牙，才能將義齒固定於其上。由於其基礎是建立在缺牙區前後端的支柱牙上，所以其咀嚼功能很好，而且不必拿下來。製作牙橋的先決條件，是支柱牙必須是健康且可承受力量的；如果任何一端支柱牙不健康，或是早就拔掉，或是因其他問題(如經濟因素) ，則應考慮製作活動義齒。
