牙周非手術治療，在不把肉掀開的狀態下，先用專用器械（牙周刮刀）伸入牙齦溝內，將牙菌斑、牙結石和毒素刮除乾淨；但若結石程度較嚴重，就須上局部麻醉，稱為牙根整平術。非手術治療可以診治牙齦溝深度達4毫米（初級）、5~6毫米（中級），甚至是深度高達7毫米的牙齦溝。將牙根清潔乾淨後，牙肉就能重新貼回牙根，牙周囊袋可以復原到合適的深度。一般說來，非手術治療大約需花費1~2個月不等，以便觀察牙周組織清除後牙齦改善的狀況。